يتكون الهيكل التنظيمي لإمارة منطقة نجران من عدد من الوكالات والإدارات والجهات والمراكز والذي أنشأ بناءًا على الهيكل التنظيمي الموحد لإمارات المناطق والمعتمد من اللجنة العليا للإصلاح الإداري في 01-04-1410هــ.